在安布雷拉公司的老巢，蜂巢的巨大地下遗传研究中心时暗藏着某种可怕的事情，在这里聚集着神秘的生物工程学家。一种致命的病毒爆发了，并快速地传播着。红后一台控制和监视着整个蜂巢的超级巨型计算机把整个中心都封闭了起来，甚至包括很小的漏洞，杀死了所有被困在里边的工作人员。

暂时失忆的艾丽斯在自己的浴室中醒来，先后遇到了埃里克·马比斯与雷恩等人组成的特遣队。特遣队逮捕了埃里克·马比斯，带着他和爱丽丝进入蜂巢并关闭红后。然而，队员们很快发现这些工作人员们并不是真正地死去了。他们已成为徘徊在“蜂巢”内贪婪的像僵尸一样的活死人。人们一旦被他们咬一口或被他们抓伤就会受到感染，甚至立即变成他们一类的人。

艾丽斯和她的特遣队有3个小时来完成他们的任务，否则这些僵尸们将泛滥成灾，对整个地球构成威胁。其间，爱丽丝的记忆不断闪回，事实的真相也不断揭开。为了接近红后，小队成员必须在这个象蜂巢一样的迷宫里，穿过一连串一个比一个恐怖的障碍。其中包括致命的激光、异型犬爪和一个巨大的样品屋，在这个样品屋里艾丽斯见识到了安布雷拉公司导致这场危机的邪恶研究成果。艾丽斯也很快发现了这些僵尸是该公司的一项最新的研究方案，变种T-病毒造成的结果。