卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚饰）选中，要参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位杀手的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅被迫于父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯饰）的压力，她不情愿地操纵着勒姆·林奇寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行Baptiste（迈克尔·威廉姆斯饰）暗示了卡勒姆·林奇，艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运悬而未决。